Zemessardzes 36. Rēzeknes kājnieku bataljons dibināts 1991. gada 10. oktobrī, izveidojot bataljona štābu 10 zemessargu sastāvā. 1991. gada 12. decembrī tika dots pirmais svinīgais zemessarga zvērests Rēzeknes rajona izpildu komitejas sēžu zālē. 1992. gada 30. maijā Rēzeknes Jēzus Sirds baznīcā tika iesvētīts bataljona karogs uz kura izšūta devīze "Mēs Latvijai pamats un spēks. Sargā Latviju!". 2003. gadā Zemessardzes 36. kājnieku bataljons tiek reorganizēts un pievienots Zemessardzes 32. kājnieku bataljonam. 

Ar Ministru kabineta rīkojumu Nr. 275 “Par Valdības rīcības plānu Deklarācijas par Māra Kučinska vadītā Ministru kabineta iecerēto darbību īstenošanai”, Aizsardzības ministrijai tika dots uzdevums līdz 2018. gada 30. oktobrim izveidot pastāvīgu Nacionālo bruņoto spēku apakšvienību Latgalē. Sākotnēji tika plānots veidot rotas līmeņa apakšvienību ar 150 profesionālā dienesta karavīriem, vēlāk- bataljonu. 2018. gada 24. maijā Zemessardzes 36. kājnieku bataljons tika atjaunots kā profesionālā dienesta bataljons Zemessardzes 3. Latgales brigādes sastāvā un tika nosaukts pārdēvēts par Zemessardzes 36. kaujas atbalsta bataljonu.